月薪五千五、全勤两千被全部扣除时，很多人可能会采取一些错误的操作，以下是常见的几点。
1、不重视证据保存：有些劳动者在发现工资被全部扣除后，没有及时收集和保存劳动合同、工资条、扣工资通知等关键证据，导致后续维权时无法充分证明自己的主张和公司的违法行为，增加了维权难度。

2、采取过激行为维权：部分劳动者可能会通过旷工、破坏公司财物、在公司公共场所吵闹等过激方式表达不满，试图逼迫公司解决问题。这种行为不仅无法有效维权，还可能违反公司规章制度，甚至承担相应的法律责任，反而使自己处于不利地位。

3、超过仲裁时效才维权：劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。如果劳动者在工资被全部扣除后，长时间不采取任何维权措施，导致超过仲裁时效，可能会丧失通过仲裁途径追回工资的权利。

如果您已经出现了上述错误操作，或者对如何正确维权仍有疑问，建议尽快向专业律师进行咨询，避免权益进一步受损。
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在处理月薪五千五、全勤两千被全部扣除的问题时，存在一些特殊情况或例外情形会影响处理结果，以下为您说明。
1、员工因个人原因给用人单位造成重大经济损失。 如果员工因故意或重大过失给用人单位造成了重大经济损失，根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，经济损失的赔偿可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。在此情形下，用人单位可以扣除部分工资，但仍不能全部扣除。

2、双方在劳动合同中有合法有效的专项培训服务期约定且员工违约。 如果用人单位为员工提供了专项培训费用，对其进行了专业技术培训，并与员工订立协议，约定了服务期，而员工违反了服务期约定，用人单位可以要求员工支付违约金。违约金的数额不得超过用人单位提供的培训费用，且用人单位要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。此时，用人单位可从员工工资中扣除违约金，但同样需遵循每月扣除不超过20%及不低于最低工资标准的规定，并非可以全部扣除工资。

3、员工与用人单位协商一致且不违反法律强制性规定的工资扣除。 如果员工因个人原因向用人单位借款，双方协商一致从工资中分期扣除借款，且扣除后的工资不低于当地最低工资标准，这种情况下的部分扣除是合法的，但这与全部扣除工资的情况完全不同，且需以双方真实意愿和合法为前提。
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月薪五千五、全勤两千被全部扣除，可能会面临一些法律风险，以下为您分析。
1、用人单位可能以“员工违反公司规定”为由拒绝返还。 如果出现员工确实存在迟到、早退等违反公司考勤制度的行为，用人单位是可能会以“员工违反公司规定，全勤奖和部分工资不应发放”为由拒绝返还全部被扣除的工资的。但即使如此，用人单位也不能以此为由扣除全部工资，仍需保证发放不低于当地最低工资标准的工资。

2、用人单位可能以“双方曾有约定”为由抗辩。 如果出现用人单位声称与员工在劳动合同中或其他书面协议中有关于“若出现某种情况可全部扣除工资”的约定，用人单位是可能会以此为由进行抗辩的。但根据法律规定，此类约定因违反《劳动法》第五十条“不得克扣工资”的强制性规定而无效，员工仍有权要求返还被扣除的工资。
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您问的月薪五千五、全勤两千的工资全部扣除是否合法，答案是否定的，全部扣除不符合劳动法规定。
如果或若存在用人单位以“全勤奖未达标”为由扣除全部工资的情况，即使全勤奖为2000元，月薪5500元，用人单位也不能以此为由扣除包括基本工资在内的全部工资，因为全勤奖通常是额外奖励，扣除也仅限于该2000元全勤奖部分，不能波及基本工资。

如果或若存在用人单位以“劳动者给单位造成损失”为由扣除全部工资的情况，根据规定，每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。以月薪5500元计算，最多每月可扣除1100元（5500×20%），绝非全部扣除。

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